Trường Mầm non Phú Mỹ có Chi bộ Đảng hoạt động độc lập theo Điều lệ Đảng Cộng Sản Việt Nam, Chi ủy gồm 5 đồng chí với 34 đảng viên.

Nhà trường có các tổ chức như: Công đoàn, Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, hội khuyến học được cơ cấu tổ chức và hoạt động đúng theo quy định của pháp luật và Điều lệ. Các tổ chức Công đoàn, Đoàn thanh niên, Hội khuyến học có nhiều đóng góp tích cực, hiệu quả vào các hoạt động của nhà trường và cộng đồng, góp phần tích cực vào việc thúc đẩy mọi hoạt động của nhà trường đặc biệt trong hoạt động chăm sóc giáo dục trẻ.

Hiệu trưởng, phó hiệu trưởng, tổ chuyên môn và tổ văn phòng:

Lãnh đạo nhà trường có 03 người, gồm Hiệu trưởng, 02 Phó Hiệu trưởng.

Các tổ chuyên môn gồm: Tổ mầm có 8 thành viên trong đó có 1 tổ trưởng và 1 tổ phó, tổ chồi có 12 thành viên trong đó có 1 tổ trưởng và 1 tổ phó, tổ lá có 12 thành viên trong đó có 1 tổ trưởng và 1 tổ phó, tổ văn phòng có 7 thành viên trong đó, có 1 tổ trưởng.

Các tổ chuyên môn hoạt động đúng chức năng và nhiệm vụ theo quy định tại Điều lệ trường mầm non. Các tổ chuyên môn hoạt động tích cực, hiệu quả từ đó góp phần nâng cao chất lượng các hoạt động của nhà trường.

Tổ chức nhóm trẻ và lớp mẫu giáo

Nhà trường có 16 nhóm/lớp:  có 01 nhóm trẻ 24 - 36 tháng tuổi với 22 trẻ, 03 lớp mầm với 74 trẻ, 06 lớp chồi với 167 trẻ, 06 lớp lá với 216 trẻ. Tại điểm chính có 8 nhóm/lớp học bán trú với 262 trẻ.

 Số trẻ trong mỗi nhóm/lớp được phân chia theo độ tuổi, đảm bảo theo quy định tại Điều lệ trường mầm non, trẻ được học 2 buổi/ngày đạt tỷ lệ, 100%.